Osnovni je cilj Zavoda najbolje opisan riječima njegovih začetnika, Ive Frangeša, Zdenka Škreba, Josipa Torbarine i Aleksandra Flakera: „unaprijeđivati metode rada na području znanosti o književnosti; baviti se teorijom književnosti; aktivno raditi na stvaranju i razvijanju znanstvenoga podmlatka i utjecati na modernizaciju nastavničkog procesa; obrađivati problematiku različitih grana nacionalne, opće i poredbene književnosti“. Unaprjeđivanje komparatističkih i interdisciplinarnih istraživanja ostvaruju se kroz različite projekte Zavoda, širenje suradnje s drugim odsjecima Filozofskoga fakulteta u Zagrebu i drugim znanstveno-nastavnim jedinicama u Hrvatskoj (Zadar, Osijek, Rijeka, Pula), kao i s kolegama iz drugih zemalja (prije svega Ruska Federacija, SAD, Mađarska, Njemačka i druge europske države).